En 1967 COOPI comenzó a trabajar en Ecuador, acumulando una larga y significativa experiencia y conocimiento del país y de sus distintas realidades territoriales, adaptando en el tiempo sus acciones a las evoluciones de las vulnerabilidades de la población más desfavorecida.

COOPI trabaja en Ecuador desde 1967. El primer período se caracterizó por proyectos de desarrollo en colaboración con universidades e institutos religiosos-educativos. Desde la década de los 90, la Organización ha intervenido con proyectos para garantizar la asistencia a las comunidades afectadas por erupciones volcánicas, deslizamientos de tierra, inundaciones, colaborando con instituciones, organismos de investigación y sociedad civil para fortalecer las capacidades locales de preparación y respuesta a este tipo de eventos.

Al mismo tiempo, COOPI ha desarrollado programas de apoyo a las pequeñas artesanas y mujeres afroecuatorianas; a partir de 2006 se incorporó el eje de integración de la población migrante colombiana en la zona fronteriza norte. En la última década COOPI ha asumido un rol de segundo nivel, a través del apoyo técnico a las entidades locales (autoridades y sociedad civil), además de contribuir a la respuesta al terremoto de 2016.

En los últimos años, más de 300.000 migrantes venezolanos han llegado a Ecuador en busca de un nuevo comienzo. A partir de 2020, como parte de la respuesta regional a la crisis venezolana, COOPI interviene en nueve provincias del país. Gracias a la financiación de ACNUR, UNICEF y BPRM, actúa en sectores como habitabilidad, protección, agua y saneamiento, inclusión socioeconómica, incluyendo la respuesta a la emergencia pandémica Covid-19. Con su intervención, COOPI llega directamente a 56.693 personas, con especial atención a los niños, las mujeres y la población LGTBIQ +.